竺可桢对学生的感情，用浙大校友们的总结，叫做“爱生如子”，另外还有四个字，是“爱校如家”。

　　当时没有几个大学校长能像他那样，有学生被捕，他都要到监狱去看学生。审判时他直接去旁听，他比学生的父亲还关心他的儿子。

　　自1936年接掌浙江大学，竺可桢在“求是”的校训下，选贤任能聚集起一大批一流教授人才。到了抗日战争结束时，当时在西南一隅的浙大成为当时最好的四五所大学之一，被誉为“东方剑桥”。

　　但是到了浙大复归杭州以后，竺可桢发现，他这个校长更难当了。一方面，国民党日益腐败独裁，统治愈发残酷；另一方面，学生们的反抗情绪愈发激烈，动不动就上街游行。

　　1947年10月26日凌晨，浙大的学生自治会主席于子三和另3名同学被国民党特务秘密逮捕。竺可桢当天中午得知消息，立刻前往营救，而那些国民党高官们，有的高卧未起，有的推说不知，最终才确认于子三确实被捕了。按当时的法律规定，刑事拘留时间不得超过24个小时，但是保安司令和警察局长却一再推托，学生们被激怒，说，“如果29日人没有被送法院或释放，30日就罢课！”

　　29日下午，省府来了消息，说有要事要谈，却又久久不见人来。竺可桢心知有异，又赶到省府，被告知，于子三已经“自杀”了。看到于子三伤痕累累的遗体，竺可桢几乎晕倒。当国民党特务们要求竺可桢在“自杀”的检验证书上签字时，竺可桢说:“我只能证明于子三已死，不能证明他是用玻璃片自杀的！”

　　作为大学校长，竺可桢一方面要与国民党当局的暴行抗争，另一方面又要平息校内学生们的情绪，不要做出过激行动。然而浙大的学生果然罢课了，而且浙大的教授们也参加，成为浙大历史上唯一的一次罢教。接着，北平、上海各校开始响应，形成1947年中国的第三次学运高潮。

　　这时的竺可桢，在努力劝说学生们复课但学生们不听的情况下，生了辞职之心，他匆匆赶赴南京。刚到那里就听说，学生们已表示次日复课，并支持校长在南京的一切行动。当南京的新闻记者前来采访，问到于子三是否自杀时，竺可桢回答说：“于子三作为一个学生是一个好学生，此事将成为千古奇冤。”他的言论一出，国民党当局一片被动。

　　于子三的遗体下葬时，学生们不顾禁令，打着写有“复仇”大字的旗帜，并散发挽歌：“抬着你的尸体往前走，走在这中国的土地上，仇恨的人呀，记着记着，今天将将士来埋葬。凶手凶手，你不要太高兴，你的死期将到临。”竺可桢一看就知道，这样的队伍上了街，非得酿成惨案。他和学校的老师们极力劝说将葬礼延期。但就是这样，突然从校外冲进一伙暴徒对学生大打出手，一些学生被打得头破血流……

　　此后，竺可桢的校长生涯就这样将大量时间消耗在政治风潮上，为营救学生和为浙大争取资金，他身心俱疲，心生厌倦。

　　竺可桢对学生的爱护，获得了共产党方面好感。1949年2月，在中共地下党控制下的浙大学生自治会发起了为竺可桢祝贺六十岁生日的活动。使他确确实实感到了浙大师生们对他的厚爱——那份感情都是发自内心的。在此之前，中共杭州市工委的负责人之一的许良英还主持做了一件事，在 1949年元旦的时候，以“中国共产党杭州工作委员会”的名义，给一批进步人士写信拜年，并希望留下参加新中国的建设。竺可桢是收信人之一，他应该感受到了来自中共的善意。

　　以竺可桢原本对大学教育的理解，大学就是个学知识培养人格做学问的地方，不应掺入那么多的政治。但是在当时的中国，不可能有这样的政治真空之地。竺可桢想辞去浙江大学校长职务的念头已经有很久，但他离开浙大的决定却做得很突然。

　　1949年4月29日，当竺可桢登上从杭州开往上海的火车。到了上海，竺可桢住在朋友处。5月26日，竺可桢一觉醒来，上海已经易了帜。

　　“解放军在路站岗，秩序极佳，绝不见欺侮老百姓之事。在研究院门前亦有岗位，院中同人予以食物均不受。守门之站岗者倦则卧地，亦绝不扰人，纪律之佳诚难得也。”在当天日记中，竺可桢写下了他见到共产党军队的第一好印象，便打定注意不去台湾。

　　新中国成立之后，竺可桢担任了中国科学院的副院长，为建立中国科学院立下了汗马功劳。