1982年11月、12月间，陈云连续多次借用黄克诚提出的“鸟笼”之说，来解释搞活经济与国家计划之间的关系。
“这就像鸟和笼子的关系一样，鸟不能捏在手里，捏在手里会死，要让它飞，但只能让它在笼子里飞。没有笼子，它就飞跑了。”这个“笼子”，关键是大小适当，“可以跨省跨地区，甚至可以跨国跨洲”。这就是陈云著名的“鸟笼”比喻。
“‘鸟笼比喻’的提出，与当时的经济过热有很大关系。陈云希望借此纠偏，以保持国民经济总量和比例关系的平衡。”党史专家告诉《中国新闻周刊》，“这个比喻虽然侧重点在于计划的指导作用，但它的出发点和归宿都是搞活经济。”
改革开放前，情况与之相反。只有国家计划而无市场调节的经济体制如同一只铁笼，将中国经济束缚得死死的。作为中共领导层中的头号经济专家，陈云当时所做的一次次努力，就是让之能有一定的自由度，为此，曾被视为“老右倾”“靠边站”。但他安之若素，初衷不改。
打赢建国初期的经济战役
1949年，共产党虽然在军事上取得了决定性的胜利，但在经济战线却面临着一场前所未有的挑战。国民党为筹集战争经费滥印钞票，导致物价飞涨。1937年能买两头牛的100法币，到1949年连一粒米也买不到。恶性通货膨胀使得人心惶惶，民众普遍不相信刚刚取得政权的共产党有能力稳定物价。
上海，就是这场经济“淮海战役”的主战场。领导这场战役的正是共产党内头号经济专家、刚刚出任中央财政经济委员会主任的陈云。他亲自前往上海，坐镇指挥了这场平抑物价的战斗。
据原轻工业部部长杨波回忆，当时陈云每天都要看三张统计表：一是上海、天津、北京、武汉、西安等主要城市的物价变动情况统计表；二是这些主要城市国营贸易公司的重要物资库存情况统计表；三是各地的税收收入、货币投放和财政收支情况统计表。
陈云预计，物价综合指数要比1949年7月底上升两倍，才能使两者大体平衡。11月中旬，物价又涨了两倍，涨势渐趋稳定，他判断时机到了。11月25日，中财委下令，同时在上海、天津、北京、沈阳、武汉、西安等八大城市大量抛售物资。当天，上海纱布市场开市的时候，投机商争相购入，国营公司则源源不断地抛售，并且一个小时跌一次价。投机商不得不跟着抛售，市价越抛越低。当天，上海的纱布价格一下子跌了一半。
通过抓“两白一黑”（粮、棉、煤），上海的物价很快趋于稳定，全国各地大中城市的物价也随之回落。人心随之安定。
对此，当时担任上海申新纺织公司总管理处总经理的荣毅仁感叹说：“中共此次不用政治力量，仅用经济力量能稳住物价，给了上海工商界一个教训。这是我们所料不到的。”毛泽东对陈云领导的上海经济战役评价很高，认为它的意义“不下于淮海战役”。
随后，陈云又着手统一财经，调整工商，让国民经济得到了恢复和发展。到1950年3月，即实现了财政收支的基本平衡。
哈佛大学费正清东亚研究中心前主任傅高义曾评价说，考虑到新中国建国初期面临着堆积如山的经济问题，用任何标准衡量，陈云及其同事制定的控制通货膨胀、提供日常生活必需品和控制国家预算等政策都取得了巨大的胜利。
1953年，中国开始进入“一五”大规模建设阶段。粮食短缺成为中央面临的一个棘手难题。面对八种备选方案，陈云经过反复权衡，决心采用“统购统销”（在农村征购、在城市配售）的方案。
“统购统销”是一种比较激进的硬性措施，风险是显而易见的，陈云对此也非常清楚。他在向中央汇报这一方案时，形象地说：“我现在是挑着一担‘炸药’，前面是‘黑色炸药’，后面是‘黄色炸药’。如果搞不到粮食，整个市场就要波动；如果采取征购的办法，农民又可能反对。两个中间要选择一个，都是危险的家伙。”
“统购统销”带来了一些问题，但总体上保证了市场的稳定，并且确保了“一五”计划的顺利完成。通过综合平衡，陈云很好地解决了当时中国“吃饭”与“建设”的矛盾。
“三主三补”
1955年10月，为加快对资本主义工商业的改造，中央决定成立十人领导小组，任命陈云为组长。
对社会主义改造，陈云始终很慎重，希望改造过程慢一点，稳妥一点。但形势逼人，全国各地很快掀起了社会主义改造的高潮。到1956年1月，仅两个多月的时间，全国大城市和五十多个中等城市的资本主义工商业，全部实现了全行业公私合营。
面对社会主义改造过程中出现的种种问题，陈云一直在思考。1956年，在社会主义三大改造完成后，他提出了一个比较系统的经济体制改革构想，使自己一贯秉持的稳步改造论臻于成熟。即：在工商业方面，国家经营和集体经营是主体，一定数量的个体经营是补充；在生产方面，计划生产是工农业生产的主体，一定范围内的自由生产是补充；在市场方面，国家市场是主体，一定范围内的自由市场是补充。这个构想，后来被称为“三主三补论”。
党史研究学者在接受《中国新闻周刊》记者采访时表示，在当时，它主张尊重价值规律，突破了一大二公、大一统和国家垄断的模式。这一构想当时虽然没有得到实施，但为后来冲破高度集中的计划经济体制起了重要的先导作用。
调整钢指标
1958年8月，全国掀起了“全民大炼钢铁运动”。到11月，在农业收成和钢铁生产方面暴露出的问题使毛泽东察觉到“左”的错误，开始做出一系列纠“左”的决策。
在1958年1月的南宁会议之后，陈云事实上“靠边站”了。这时候，毛泽东发出了“国乱思良将，家贫思贤妻”的感慨，说“经济工作还是由陈云同志主持好”。
1959年的钢产量指标，之前提的是达到2700万吨、争取3000万吨，当时已经降为1800万吨，但陈云经过算账，认为仍然太高，很难完成。他建议暂时不要对外公布具体指标，以免将来被动，但他的建议未被有关人员及时报毛泽东。
1959年初，情况变得越来越糟。4月，中共中央在上海召开了八届七中全会。毛泽东得知了陈云的建议，在会上表扬了他，称赞他在其他官员不敢讲真话时敢于直言，“正确的就是他一个人”。
八届七中全会虽然对钢的生产指标又做了调整，但毛泽东仍不放心，委托陈云进一步研究。陈云花了数周时间，广泛听取各方面的意见，并认真细致地进行了计算，最后提出可以生产1300万吨钢。毛泽东接受了他的意见。
1959年7月的庐山会议（陈云因心脏病发，缺席了这次会议）后，由于政治斗争，调整缓和被“反右倾”和继续“大跃进”所取代，导致了国民经济更严重的困难，造成了大规模的饥荒。中共中央不得不对国民经济实行调整，在1961年1月做出了“调整、巩固、充实、提高”的八字方针。
据时任国家计委副主任的薛暮桥回忆，1961年夏天，陈云在老家青浦农村搞调查。他发现，青浦县的渔民晚间在黄浦江打完鱼后，不像以前那样赶在黎明前送往上海出售，而是折返运回青浦，卖给水产公司，再由后者运到上海去完成供应任务。这不但增加了运输距离，而且把活鱼折腾成死鱼。陈云认为太不合理，亲自找青浦县委谈话，要他们取消这种不合理的办法，但由于上海市委不同意，始终也没被采纳。陈云气愤地感叹：“一个党中央的副主席，连这样一个小问题都解决不了，实在对不起老百姓。”
七千人大会和西楼会议
严峻的形势，促使中央在1962年1月召开了扩大的中央工作会议，史称“七千人大会”。
1月30日下午，毛泽东在大会上讲话。他说：“拿我来说，经济建设工作中间的许多问题还不懂得。工业、商业我就不大懂，别人比我懂，少奇同志比我懂，周恩来同志比我懂，小平同志比我懂。陈云同志，特别是他，懂得较多。”他请陈云讲话，陈云摇摇手说：“先不讲了，以后再说。”
2月7日是大会最后一天，毛泽东再次讲话，说这次都讲了讲心里话。“中央少奇同志、恩来同志、朱德同志、林彪同志、小平同志和我也讲了讲，就是陈云同志没讲。陈云同志不调查清楚他就不讲话，他还没调查透。”他又扭过头来，问坐在旁边的陈云讲不讲，陈云说不讲。毛泽东接着说：“好，等他调查充分了再讲吧！”
2月21日至23日，在中南海西楼举行了中共中央政治局常委扩大会议，史称“西楼会议”。会议由刘少奇主持，毛泽东因在武汉，未出席这次会议。在这个16人参加的高层会议上，陈云和盘托出了他对财经状况的看法。他毫不含糊地说，“目前的处境是困难的”，并提出调整当年的年度计划，要对重工业、基本建设的指标“伤筋动骨”。
他的讲话在中央领导层内引起很大震动。刘少奇当即请他在国务院扩大会议上再展开讲一讲。
国务院扩大会议在国务院小礼堂举行。2月26日，陈云作了《目前财政经济的情况和克服困难的若干办法》的讲话，重申了他在西楼会议上的观点，不仅详细地分析了面临的困难，而且拿出了切实可行的解决措施。
原轻工业部部长杨波参加了这次会议。据他回忆，先是李富春和李先念讲话。陈云一讲，“气氛就不同了，全场立刻活跃起来”。这种气氛，是“好多年没有过的”。陈云的讲话不断被全场的热烈掌声打断，他自己也越讲越起劲，身上出了汗，就做了一个罕见的举动：脱去上身的毛衣继续讲。他的讲话与历来的一样，“既没有豪言壮语，也没有空洞承诺，而是条条实在，着着可靠，既行得通，又便于具体操作”。
在刘少奇等人的提议下，经毛泽东同意，中央重新成立了中央财经小组，由陈云任组长。陈云上任后，第一项工作就是对1962年年度计划进行大幅度的调整，采取关厂、并厂、缩小规模等办法调整工业，加强农业，增加粮食生产。
研究资本主义
1969年，陈云同邓小平、王震等人一起，被“战略疏散”到江西。直到1971年“9·13事件”发生后，才被允许回京。
1972年7月，陈云给毛泽东写信，请求分配力所能及的工作。毛泽东同意他参加国务院业务组，协助周恩来指导对外经济贸易工作。这一年，陈云67岁，已经有十年没有从事具体工作了。
这时，中美关系刚刚解冻，中国与西方发达国家的经济交往正面临新的机遇。1973年6月，陈云在听取中国人民银行行长陈希愈等汇报时说：“过去我们对外贸易是75%面向苏联和东欧国家，25%对资本主义国家。现在，正好是倒了一个个儿。这个趋势是不是定了？我看是定了，因此，我们对资本主义要很好地研究。”
党史专家认为，在“文革”期间，陈云能看到与资本主义打交道的大势，非常具有远见。“这实际上也为后来对外开放政策的系统形成，起到了先导作用。”
1973年4月，中国粮油食品进出口总公司的下属机构五丰行，利用国际期货市场炒砂糖，赚了240万英镑。陈云肯定了五丰行的做法。他说：“交易所是有两重性的。过去我们只看到它投机性的一面，忽视了它大宗交易的另一面。我们不要怕接触交易所，要在大风大浪里学会游泳。”
“四人帮”抓住此事，攻击陈云说这是剥削外国工人阶级的剩余价值。陈云大量查阅马克思主义经济理论，后来反驳说：“对利用交易所是否是剥削工人阶级剩余价值的问题，我想了一年。恩格斯讲过，交易所是剩余价值分配的场所。这就是说，我国利用交易所，只是赚了外国资本家的钱，让外国资本家少分一点而已，并没有剥削外国工人阶级。”
在周恩来、陈云等人的努力下，1973年至1975年，对外经济工作出现了新的局面，出现了自1954年引进苏联156个项目后的第二次引进高潮。1987年，邓小平在回顾这段历史时曾感叹道：“说到开放，其实在1974年到1975年我们已经试验过一段。”
再次主持调整
1978年，陈云终于重回中国政治舞台中心。在这一年12月召开的十一届三中全会上，他再次被选为中共中央副主席、政治局常委，并出任中央纪委第一书记。
当时，正面临被称为“洋跃进”的引进大潮。急于“大干快上”的做法，使得国民经济比例再次面临失调。1978年，积累消费比（即国民收入中用于再建设和消费的比例）高达36.5%，成为1958年“大跃进”后20年中最高的一年。
经历了“文革”后，陈云的经济发展思想和才能得到了多数人的公认，党内许多人建议陈云出山主持财经工作。在1979年初召开的理论务虚会上，经济学家薛暮桥在书面发言中说：“20多年来的经验证明，周恩来同志、陈云同志在经济工作中是一贯坚持正确路线。现在周总理已经离开我们了，陈云同志是久经考验的我党最有经验的经济统帅……希望陈云同志在关键时刻，挺身而出，防止我们的经济再犯错误。”
1979年3月，中央决定在国务院设立财政经济委员会，领导全国的财经工作。陈云毫无争议地当选这个委员会的主任。
陈云提出，用两到三年时间，对国民经济进行调整，让失调的比例恢复平衡。这一主张得到了邓小平的支持。在1979年4月召开的中央工作会议上，调整政策被正式确立下来，各省被要求压缩投资、减少预算赤字。
这一时期，陈云的身体却亮起了红灯，先是患上肺炎，不久又被确诊为结肠癌，他不得不放下工作，配合治疗。1980年他病愈重返工作，发现局面并没有得到好转，甚至变得更加严重。
1979年，国务院决定暂停或缓建的大项目不仅没压下来，地方反而又新上了一批，以致当年财政赤字刷新了建国后的最高纪录，达到170亿元。陈云警告说，基建投资年年赤字是不行的，年年用发票子来搞基建，到了一定时候就会“爆炸”。
1980年11月，在他的主导下，为1981年定出了很低的增长目标：3.7%，基建资金从550亿元削减到300亿元。有些人反对说，这种限制会浪费宝贵的时间，陈云反驳道：“鸦片战争以来耽误了多少时间？现在耽误三年时间有什么了不得？”
为了进一步贯彻调整政策，在邓小平的提议下，中央在1980年末又召开了一次中央工作会议，统一认识。
在这次会议上，陈云对建国后经济工作作了全面的总结。他说，1949年以来延误中国进步的最大原因是盲目冒进的“左倾”错误。中国是一个九亿多人的大国，80%的人口是农民。在这样一个国家中进行经济建设，必须看到这种困难，要量力而行，不能急于求成。调整意味着“某些方面的后退”，但不要害怕。因为，“调整不是耽误，不调整才会造成大的耽误”。
邓小平后来这样评价这次会议：“经济工作，应该说，我们真正的转折是1980年那次调整会议，在那之前，客观地说，我们还是那种‘左’的东西，那次会议真正是一个拨乱反正。”
到1981年末，“农、轻、重”、积累和消费等主要比例趋于协调，财政和信贷也基本上实现了平衡。生产和建设规模不仅没有下降，而且保持了一定的增长速度。
三年的经济调整，不仅使国民经济开始走上稳步发展的轨道，也为经济体制改革的起步创造了宽松的经济环境。
“鸟笼比喻”
计划与市场的关系，是经济体制改革的关键问题。
据曾任陈云秘书的朱佳木回忆，1979年春，十一届三中全会刚召开不久，陈云曾就计划与市场的问题写过一个提纲。在这份提纲中，他提出整个社会主义时期必须有两种经济：计划经济部分和市场调节部分。“问题的关键是，直到现在我们还不是有意识地认识到这种两种经济同时并存的必然性和必要性，还没有弄清这两种经济在不同部门应占的不同比例。”
这份提纲经过整理，后来发表在中央文献研究室主办的刊物《文献和研究》上，成为党内最早以文字形式论述计划与市场关系问题的文献。
1981年12月22日，在省、自治区、直辖市党委第一书记座谈会上，陈云把这个新构想概括为“以计划经济为主，市场调节为辅”（即“主辅论”）。
1982年4月3日，邓小平谈到，经济体制改革还处于试点阶段，他说：“最重要的，还是陈云同志说的，公有制基础上的计划经济，市场调节为辅。”1982年党的十二大报告和年底召开的五届全国人大五次会议所通过的新《宪法》，确认了这个提法。
党史专家认为，“主辅论”是对“三主三补论”的延伸和深化，对于突破当时高度集中的计划经济起到了重要作用，产生了广泛而深刻的影响。
1984年的十二届三中全会通过了《中共中央关于经济体制改革的决定》，确定了中国实行的是“有计划的商品经济”，决定全面进行经济改革。对此，陈云表示“完全同意”，指出，“要积极探索，不断总结经验，务使改革健康发展”。
随着经济体制改革的深入发展，市场经济在整个经济中的分量越来越重。1992年，中共十四大确立了建立社会主义市场经济体制的改革目标，提出让市场在资源配置中发挥基础性作用。2013年在十八届三中全会上，市场的“基础性作用”又被提升为“决定性作用”。这些，都突破了陈云当年关于计划与市场关系问题的思考。
“但不能因此就简单地否定陈云对计划与市场关系的认识。”党史专家告诉《中国新闻周刊》，陈云的思考和探索，是我们逐步摆脱传统观念、形成新的认识过程的关键环节。
