Im zweiten Monat nach ihrer Ankunft im Lager wurden die Juden in Block 2 untergebracht und später – zusammen mit den Polen, die der Beteiligung an der Flucht des ersten Häftlings aus dem Lager (Tadeusz Wiejowski) beschuldigt wurden, ins Obergeschoss von Block Nr. 2 verlegt, bis sie dann schließlich im Erd- und teilweise auch im Obergeschoss von Block 11 einquartiert wurden. Zusammen bildeten sie die sogenannte Strafkompanie, die sehr rigoros behandelt und zur Ausführung der schwersten Arbeiten eingesetzt wurde. Während ihre Versetzung in die Strafkompanie für die Polen eine Strafe für angebliche Verschuldungen im Lager war, kamen die Juden allein aufgrund ihrer Herkunft dorthin.

Die Häftlinge aus der Strafkompanie wurden vor allem zum Ziehen der zur Planierung der Lagerwege dienenden massiven Walze, zum Tragen der Betonpfeiler für den Zaun sowie zur Förderung von Kies aus nahegelegenen Gruben eingesetzt (es gab mindestens vier solche Kiesgruben). Die Arbeit dort fand unter geradezu mörderischen Bedingungen statt: die unablässig von den Kapos mit Knüppeln geschlagenen Häftlinge mussten sich mit ihren mit Kies gefüllten Schubkarren „im Laufschritt” vorwärtsbewegen, und wenn jemand stolperte oder vor Erschöpfung umfiel und nicht sofort wieder aufstand, wurde er bis zur Bewusstlosigkeit geschlagen oder getötet. Aus den erhalten gebliebenen Dokumenten geht hervor, dass praktisch alle Juden, die von 1940 bis zum Frühherbst 1941 ins Lager eingeliefert wurden, unverzüglich nach ihrer Ankunft in die Strafkompanie in Block 11 geschickt wurden und dass wahrscheinlich alle dort umkamen.

Als an der Wende vom Winter zum Frühjahr 1941 begonnen wurde, die Häftlinge zu fotografieren, wurden von den etwa 250-300 der im Vorjahr ins Lager Eingelieferten nur von 23 Juden Aufnahmen gemacht. Selbst wenn man davon ausgeht, dass ein geringer Teil der Fotografien wohl verlorengegangen ist, kann angenommen werden, dass die Sterblichkeit unter den Juden in Auschwitz in dieser Zeit bis zu 90% betrug.

In der ersten Hälfte des Jahres 1941 wurden, ähnlich wie im Vorjahr, etwa 330 Juden zusammen mit etwa 7000 Polen nach Auschwitz deportiert. Es ist anzunehmen, dass alle ums Leben kamen: zum Teil wurden sie systematisch in der Strafkompanie getötet, die übrigen (etwa 170-180) dagegen wahrscheinlich am 23. Juni, als der Lagerkommandant „aus Anlass” des Angriffs der Wehrmacht gegen die UdSSR den Funktionshäftlingen den Befehl erteilte, „alle Juden loszuwerden”. In der Strafkompanie spielten sich damals dantische Szenen ab: die Kapos und ihre Stellvertreter rannten mit Knüppeln über den Kiesgrund und prügelten damit mitleidlos alle Juden, die sich erfolglos bemühten, diesen Schlägen auszuweichen.

In den recht zahlreich erhalten gebliebenen Dokumenten aus der zweiten Jahreshälfte 1941 gibt es keine Eintragungen, die davon zeugen, dass sich damals irgendein vorher ins Lager eingelieferter Jude im KL Auschwitz befand. Indirekt bestätigen dies die Zeugenaussagen ehemaliger Häftlinge, die vom totalen und massenhaften Charakter dieses Verbrechens berichten.