Der Ersatz von Biodiesel und die Verstromung sind die wichtigsten Anwendungsgebiete von Biokraftstoff. Es gibt aber noch einige weitere Möglichkeit, Biotreibstoff und Biogas zu nutzen.
Biotreibstoff kann bei der Reinigung von Abwasser oder der Vorbehandlung von Müll vor der Deponierung genutzt werden. Dadurch werden die Fracht organischer Substanzen verringert und Energie und Kosten eingespart. Damit trägt der Biotreibstoff auch wieder zum Schutz des Klimas bei.
Eine weitere Nutzung bietet sich als Mittel zur Reduzierung von Geruch etwa von Düngemitteln aus der Landwirtschaft an. Hier spielt gerade die Biogastechnik eine große Rolle. Damit sorgt sie dafür, dass Stoffe wie Mist und Gülle weniger stark riechen und dadurch einfacher genutzt und verarbeitet werden können.
Mit diesen Beispielen erschöpft sich die Verwendung von Biomasse als Energieträger letztlich. Dabei sind die verschiedenen Nutzungsformen auf der Welt unterschiedlich stark verbreitet. Indien etwa nutzt 
die Biomasse vor allem zur Produktion von Wärmeenergie. Viele Inder beheizen ihre Haushalte mittlerweile mit Energie aus Biomasse. Diese ist kostengünstig und lässt sich leicht selbst sammeln und verbrennen.
In Deutschland ist eine solche Nutzung freilich aus Blickwinkel der Effizienz alles andere als sinnvoll. Durch den reinen Betrieb einer Gärungsanlage, die über Zerkleinerer und Pumpen verfügt, werden bereits zwanzig Prozent der Energie gebunden. Weitere vierzig Prozent werden durch die Heizung des Fermenters geschluckt, wodurch nur vierzig Prozent als nutzbare Energie verbleiben.
Eine reine Erzeugung von Wärme durch Biogas ist daher nicht zielführend. Nach wie vor sind die klassischen fossilen Brennstoffe sehr gut geeignet, effizient Wärme für Haushalte und Firmen bereitzustellen.
Die Verwendung von Biogas und Biotreibstoff sollte daher eher im Bereich der Mobilität erfolgen. Es gibt sehr viel Potenzial, klassische Kraftstoffe wie Diesel und Ottokraftstoff zur ersetzen. Länder wie Brasilien und die USA zeigen, wie groß das Potenzial in diesem Bereich ist und wie gut für das Klima.