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Anmerkungen sind Kommentare, Erklärungen, Hinweise oder andere externe Bemerkungen, welche an ein Web-Dokument oder Teile davon angehängt werden können. Da diese extern gehalten werden ist es möglich Web-Dokumente unabhänging von einander mit Anmerkungen zu versehen ohne das Dokument zu editieren. Aus technischer Sicht sind Anmerkungen Metadaten, da sie weiterführende Informationen zu bereits existierenden Informationen geben. In diesem Projekt wird ein spezielles Rahmenwerk zu Beschreibung von Resourcen (RDF) für Schemas von Anmerkungen verwendet um diese zu beschreiben.
Amerkungen können lokal oder auf einem oder mehreren Server gespeichert
werden. Wird ein Dokument gebrowst, dann holt Amaya von jedem konfiguriertem
Server die zu dem Dokument gehörenden Anmerkungen. Zur Zeit werden
Anmerkungen von Amaya mit dem Icon 
im Dokument kenntlich gemacht. Klickt der
Benutzer auf das Icon, dann wird der Text, welcher mit einer Anmerkung
versehen ist, hervorgeheoben. Wird das Icon doppelt angeklickt, dann wird die
Anmerkung und deren Metadaten in einem separaten Fenster angezeigt. Folgendes
Bild soll das verdeutlichen.
Eine Anmerkung hat mehrere Eigenschaften: